Peperangan itu konon dipimpin langsung Sunan Gunungjati atau Syarif Hidayahtullah, salah seorang Wali Songo yang memiliki kesaktian yang tinggi.
Menurut cerita, Sunan Gunungjati ini sosok penting yang terlibat dalam misteri hilangnya Pakuan Pajajaran. Dalam berbagai cerita rakyat, disebutkan bahwa setelah Kerajaan Sunda takhluk, para Pendeta Sunda Wiwitan menolak kehadiran Sunan Gunung Jati.
Akhirnya, Sunan Gunung Jati dengan kesaktiannya melenyapkan pusat kerajaan Pakuan Pajajaran, sehingga para Pendeta Sunda Wiwitan tak dapat lagi tinggal di istana yang telah lenyap.
Kerajaan Pajajaran mengalami kemunduran setelah mangkatnya Prabu Siliwangi. Para penerusnya terjebak pada kenikmatan duniawi dan melupakan rakyat serta kedaulatan kerajaan.
Ratu Sakti, salah satu penguasa Kerajaan Pajajaran, memiliki moral buruk dan memerintah dengan semena-mena, bahkan kerap memberikan hukuman mati tanpa alasan pasti.
Ratu Nilakendra, yang naik takhta setelah Ratu Sakti, juga tidak mampu membawa keadilan bagi rakyat. Harapan akan datangnya ratu adil yang diharapkan dari Ratu Nilakendra masih jauh panggang dari api.
